WinSxS
Папка WinSxS - это развитие идеи заложенной в dllcache. Начиная с Windows Vista эта папка хранит в себе все версии всех компонентов (файлов) операционной системы. Поэтому она растёт тем быстрее чем больше изменений ОС мы делаем. Остальные файлы - это жёсткие ссылки на файлы в этой папке. Такой подход позволяет в случае сбоев откатить систему к любому предыдущему состоянию.
Уменьшить объём папки в Winidow Vista с установленным сервис паком (Service Pack) можно с помощью утилиты VSP1CLN.EXE, которая идёт вместе с ним. Она удалит все старые файлы системы, которые были заменены во время установки сервис пака.
В остальных версиях Windows, должно быть, есть схожие утилиты.
См. также
Краткое, но ёмкое официальное объяснение от Microsoft: